Ruồi ăn nấm trong họ Sciaridae có thể là loài gây hại. Chúng thường vô hại đối với cây khỏe mạnh - và con người - nhưng có thể gây hại trên diện rộng cho cây con; sự hiện diện của chúng có thể chỉ ra những vấn đề nghiêm trọng hơn. Trong cây trồng trong nhà, sự hiện diện của sciarids có thể cho thấy việc tưới nước quá mức; chúng có thể ăn rễ bị ngâm trong nước quá lâu và do đó đang thối rữa, hoặc chúng có thể bị thu hút bởi nấm phát triển trong lớp đất mặt bão hòa. Do đó, để đất khô có thể làm giảm số lượng của chúng.[9] Các loài gây hại đôi khi cũng được quản lý bằng cách đặt một lớp cát[10][11] hoặc lớp phủ trong nhà lên trên lớp đất xung quanh cây trồng; bằng cách đưa bọ ve Hypoaspis miles hoặc áp dụng thuốc diệt ấu trùng sinh học Bacillus thuringiensis (var. israelensis) để diệt ấu trùng; bằng cách ngâm đất hàng năm trong xà phòng diệt côn trùng. Hydro peroxit có thể được pha với nước và được sử dụng để diệt ấu trùng nấm gnat trong đất bị nhiễm bệnh bằng hỗn hợp một phần 3% hydro peroxit trộn với bốn phần nước, sau đó đổ vào đất.[5][6] Con trưởng thành có thể bị bẫy bằng bẫy dính làm bằng giấy màu vàng có phủ một lớp keo vì con trưởng thành bị thu hút bởi màu vàng.[12][13]

Vì ruồi ăn nấm là loài bay yếu nên bẫy quạt cũng như các thiết bị diệt ruồi khác có thể được sử dụng để kiểm soát lượng ruồi bay tự do, đặc biệt là trong nhà. Có một số phương pháp độc hại và không độc hại để kiểm soát ruồi và ấu trùng của chúng, bao gồm tuyến trùng, đất tảo cát, hoặc bột quế.[5]

Các nhà kính thương mại thường sử dụng chất điều hòa sinh trưởng côn trùng diflubenzuron để kiểm soát các loài nấm gặm nhấm và ấu trùng của chúng. Nó được áp dụng cho đất bị nhiễm bệnh và sẽ tiêu diệt ấu trùng ruồi ăn nấm trong 30–60 ngày kể từ một lần bón. Cơ chế hoạt động của nó là can thiệp vào quá trình sản xuất và lắng đọng kitin, đồng thời nó cũng khiến ấu trùng côn trùng lột xác sớm mà không có bộ xương ngoài hình thành thích hợp, dẫn đến cái chết của ấu trùng. Mặc dù nó được nhắm mục tiêu vào ấu trùng, cần cẩn thận khi sử dụng vì nó có độc tính cao đối với động vật không xương sống dưới nước. Diflubenzuron thường không có tác dụng độc đối với con trưởng thành; chỉ có ấu trùng bị ảnh hưởng.[14][15]